Eepeen hallintoneuvostoon kuuluu 21 jäsentä, joista 19 valitsee edustajisto. Muut kaksi ovat Eepeen palveluksessa olevia henkilöstön edustajia. Hallintoneuvostoon valitaan sellaisia Eepeen jäseniä, joilla on riittävä hallinnollisten ja liiketaloudellisten asioiden tuntemus. Lisäksi valinnassa tulee ottaa huomioon, että hallintoneuvostossa tulevat Eepeen toimialue ja jäsenistö mahdollisimman tasapuolisesti edustetuiksi.

Hallintoneuvoston tehtävät jakautuvat kolmeen aihealueeseen:

• liiketoiminnan valvonta
• Eepeen toiminnan huomattavasta supistamisesta tai laajentamisesta päättäminen ja strategian vahvistaminen
• sekä hallituksen ja toimitusjohtajan valinta.

Eepeen hallintoneuvoston kokoonpano vuonna 2024:

Elina Varamäki, pj. vararehtori, dosentti Seinäjoki
Taavi Kivipelto, vpj. maanmittausinsinööri,  Alajärvi
Raija Autio, maanviljelijä, Kauhava
Jussi Haapoja, maatalousyrittäjä, Kurikka
Kari Homi, maanviljelijä, Seinäjoki
Katriina Hyvölä, matkailualan yrittäjä, Ähtäri
Eija Joensuu, esikoulunopettaja, Kauhajoki
Riitta Koivukoski, metsätalousinsinööri, Vimpeli
Titta Luoma, aluejohtaja HTT, Seinäjoki
Mervi Mäenpää, maatalousyrittäjä, Seinäjoki
Tarja Mäkiniemi, ylitarkastaja, Ilmajoki
Kati Ojaniemi, koulutuspäällikkö, Seinäjoki
Lasse Rajala, maatalousyrittäjä, agrologi (AMK), Lapua
Ahti Ranto, maatalousyrittäjä, Ilmajoki
Jukka Reinikka, maatalousyrittäjä, Alavus
Outi Simola, erityisopettaja, Kurikka
Mats Söderback, talousjohtaja, Närpiö
Mikko Tanhuamäki, toimitusjohtaja, DI, Seinäjoki
Jukka Vainionpää, yrittäjä, Isojoki

Henkilöstön edustajat:
Timo Kottari, myyjä, Seinäjoki
Timo Piirto, esimiesten edustaja liikennemyymäläpäällikkö, ABC Kauhajoki